来源：互联网转载1.结构差异
单片机是微处理器的一种，类似于计算机CPU。一般采用哈佛总线结构或冯诺依曼结构。在单片机编程时，很大程度上要考虑到它的结构和各寄存器的功能。单片机应用广泛，一般用在控制流水线上，还有日常能看到的东西！
它的结构是查表结构，它的程序不用过多考虑芯片的结构。要注意的是时机问题。它的结构很复杂，功能也很强大。一般用于通讯领域等高端场合。目前FPGA在国内是新兴产业，价格比单片机贵很多。
单片机是一种微控制器，通过加载模块软件来实现一定的功能。单片机是一种模压芯片。FPGA是用来设计芯片的芯片。
2.速度不同。
由于FPGA是硬件电路，其运行速度直接取决于晶振速度，系统稳定，因此特别适用于高速接口电路。由于单片机是单线程的，所以即使是常用的M3系列流水线也是单线程执行的，程序语句需要等待单片机周期后才能执行。
3.应用上的差异。
在应用中，差别更大。最终MCU的所有指令都在一个MCU中顺序执行，FPGA因为是一个逻辑单元，所以容易并行执行。
4.本质区别
FPGA和MCU的区别本质上是软件和硬件的区别。FPGA更倾向于硬件电路，而MCU更倾向于软件。
设计属于软件的范畴；其硬件(单片机芯片)是固定的，软件指令在硬件芯片上的执行用软件编程语言描述；
FPGA设计属于硬件的范畴，其硬件(FPGA)是可编程的，是通过硬件描述语言在FPGA芯片上定制集成电路的过程。
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